在東京，有個總人口230萬人佔據了西部大半的巨大都市「學園都市」，其中超過八成的學生均會接受超能力開發課程，並藉由藥物、催眠術等方式取得各式各樣的超能力。能力者以範圍與威力被區分成「無能力者（Level 0）」至「超能力者（Level 5）六種等級。 學園都市中一座名門學校常盤台中學，有位站在超能力者頂端的電擊公主 ─ 御坂美琴是學園都市中僅七位 Level 5 超能力者的其中一位，排行第三。她是擁有操縱電擊能力的「電擊使」，因其特有的絕招「超電磁砲」（將硬幣以音速的3倍速度發射）而得名。 本作透過御坂美琴的視角來描繪學園都市平常而不平凡的日常生活，也敘述學園都市秘密進行非人道性質的實驗，為了守護都市的和平，因而被捲入了學園都市中所發生的種種事件之中…